A kétzónás, extrafelszerelésként pedig négyzónás hőmérsékletszabályzású Climatronic légkondicionáló berendezésnek köszönhetően mindenkor kellemes klíma uralkodhat a Touareg fedélzetén. A vezető és az első utas, illetve opcióként a hátul helyet foglalók is egymástól függetlenül adhatják meg klímazónájuk beállításait. A szénanáthások külön örömére allergénszűrő tisztítja meg a pollentől az utastérbe áramló levegőt.

A légkondicionáló berendezés a kellemetlen szagokat is távol tartja, mivel az ablakmosó működtetésekor, illetve a hátramenet kapcsolásakor önműködően belső levegőkeringtetésre vált. A ventilátor - fordulatszámának sebességfüggő szabályzásának köszönhetően - lassú tempónál sem zavaróan hangos.